Die Klage ist begründet.

Die angefochtenen Änderungsbescheide für 1996 über Körperschaftsteuer, Solidaritätszuschlag und die Feststellung nach§ 47 Abs. 2 KStG, über die gesonderte Feststellung des verbleibenden Verlustvortrags bei der Körperschaftsteuer auf den 31. Dezember 1996, 31. Dezember 1997, 31. Dezember 1998, 31. Dezember 1999, 31. Dezember 2000, 31. Dezember 2001, 31. Dezember 2002, 31. Dezember 2003, 31. Dezember 2004, 31. Dezember 2005, 31. Dezember 2006 und 31. Dezember 2007, über die gesonderte Feststellung von Besteuerungsgrundlagen gemäß § 47 KStG zum 31. Dezember 1998, 31. Dezember 1999 und 31. Dezember 2000, über die gesonderte Feststellung der Endbestände gemäß § 36 Abs. 7 KStG sowie über die gesonderte Feststellung der Besteuerungsgrundlagen gemäß § 27 Abs. 2, § 28 Abs. 1 und § 38 Abs. 1 KStG zum 31. Dezember 2001, über die gesonderte Feststellung der Besteuerungsgrundlagen gemäß § 27 Abs. 2, § 28 Abs. 1, § 37 Abs. 2 und § 38 Abs. 1 KStG zum 31. Dezember 2002, 31. Dezember 2003, 31. Dezember 2004 und 31. Dezember 2005, über die gesonderte Feststellung der Besteuerungsgrundlagen gemäß § 27 Abs. 2, § 28 Abs. 1 und § 38 Abs. 1 KStG zum 31. Dezember 2006, über die gesonderte Feststellung des steuerlichen Einlagekontos gemäß § 27 Abs. 2 Satz 1 KStG und des Sonderausweises gemäß § 28 Abs. 1 Satz 3 KStG zum 31. Dezember 2007, über den Gewerbesteuermessbetrag für 1998 und über die gesonderte Feststellung des vortragsfähigen Gewerbeverlustes auf den 31. Dezember 1996, 31. Dezember 1997 und 31. Dezember 1998, jeweils vom 23. März 2009 und in Gestalt des Einspruchsbescheides vom 9. Juni 2009 sind rechtswidrig und verletzten die Klägerin in ihren Rechten (§ 100 Abs. 1 Satz 1 FGO). Der Beklagte ist unzutreffend davon ausgegangen, dass er aufgrund der Regelung des§ 32a Abs. 2 Satz 1 KStG berechtigt gewesen sei, den Bescheid für 1996 über Körperschaftsteuer, Solidaritätszuschlag und die Feststellung nach § 47 Abs. 2 KStG vom 19. Januar 2000 zu ändern. Einer solchen Änderung stand im Zeitpunkt der Änderung der Ablauf der Festsetzungsfrist entgegen (§ 169 Abs. 1 Satz 1 AO).

1.

Die Festsetzungsfrist für die Körperschaftsteuerfestsetzung 1996 gegenüber der Klägerin war im Zeitpunkt des angefochtenen Änderungsbescheides am 23. März 2009 abgelaufen. § 32a Abs. 2 Satz 2 KStG i.V.m. § 32a Abs. 1 Satz 2 KStG führt im Streitfall nicht zu einer Hemmung der Festsetzungsfrist.

a)

Die Festsetzungsfrist für die Körperschaftssteuerfestsetzung 1996 begann aufgrund der Abgabe der Körperschaftsteuererklärung für 1996 am 30. April 1998 nach § 170 Abs. 2 Nr. 1 AO mit Ablauf des Jahres 1998, dauerte nach § 169 Abs. 2 Satz 1 Nr. 2 AO vier Jahre und endete mit Ablauf des Jahres 2002. Umstände, die auf eine verlängerte Festsetzungsfrist nach § 169 Abs. 2 Satz 2 AO schließen ließen, sind weder von den Beteiligten vorgetragen worden noch aus den Akten ersichtlich.

b)

Der Ablauf der Festsetzungsfrist war nicht gemäß § 171 AO gehemmt.

Mit Ablauf des Jahres 2002 war die Außenprüfung, die sich auch auf die Körperschaftsteuer 1996 erstreckte, bei der Klägerin beendet (vgl. § 171 Abs. 4 AO) und der Änderungsbescheid für 1996 über Körperschaftsteuer und die Feststellung nach § 47 Abs. 2 KStG vom 19. Januar 2000 war bestandskräftig geworden (vgl. § 171 Abs. 3 a AO).

Ebenfalls erfolgte keine Ablaufhemmung nach § 171 Abs. 10 AO.

aa)

Nach § 171 Abs. 10 AO endet die Festsetzungsfrist, soweit für die Festsetzung einer Steuer ein Feststellungsbescheid, ein Steuerbescheid oder ein anderer Verwaltungsakt als Grundlagenbescheid bindend ist, nicht vor Ablauf eines Jahres nach Bekanntgabe des Grundlagenbescheides. Die Vorschrift bewirkt nach der Rechtsprechung des Bundesfinanzhofs (BFH), dass der Ablauf der Festsetzungsfrist - unbeschadet des Ablaufs für die Folgesteuer im Übrigen - insoweit gehemmt ist, als die Folgesteuer auf einem Grundlagenbescheid beruht oder beruhen kann (vgl.BFH-Urteile vom 12. August 1987 II R 202/84, BStBl II 1988, 318; vom 17. Februar 1993 II R 15/91, BFH/NV 1994, 1; vom 30. November 1999 IX R 41/97, BStBl II 2000, 173). § 171 Abs. 10 AO bewirkt folglich nicht, dass eine zunächst abgelaufene Festsetzungsfrist durch den Erlass eines Grundlagenbescheides im Umfang der von diesem ausgehenden Bindungswirkung wieder in Lauf gesetzt wird; vielmehr ist der Ablauf der Festsetzungsfrist für die Folgesteuer gehemmt, soweit und solange in offener Festsetzungs-/Feststellungsfrist ein Grundlagenbescheid, der für die Festsetzung der Folgesteuer bindend ist, noch zulässig ergehen kann (BFH-Urteil vom 30. November 1999 IX R 41/97, a.a.O.). Dabei knüpft die Hemmung an die bloße rechtliche Möglichkeit an, dass ein Grundlagenbescheid ergeht, aufgehoben oder geändert wird; sie setzt - anders als die anderen Hemmungsgründe in § 171 AO - kein reales Ereignis voraus.

bb)

Der Körperschaftsteuerbescheid und der Einkommensteuerbescheid stehen aber nicht im Verhältnis eines Grundlagenbescheides zum Folgebescheid (BFH-Urteil vom 27. Oktober 1992 VIII R 41/89, BStBl II 1993, 569, m.w.N.), somit stehen auch im Streitfall der Körperschaftsteuerbescheid für die Klägerin und der Bescheid über die gesonderte und einheitliche Feststellung der Einkünfte der X GbR nicht im Verhältnis eines Grundlagenbescheides zum Folgebescheid. Das gilt auch nach Einführung des Halbeinkünfteverfahrens und Schaffung des § 32a KStG durch das JStG 2007 (vgl. BFH-Beschluss vom 20. März 2009 VIII B 170/08, BFH/NV 2009, 1029, m.w.N.).

c)

Der Ablauf der Festsetzungsfrist war auch nicht nach § 32a Abs. 2 Satz 2 KStG i.V.m. § 32a Abs. 1 Satz 2 KStG gehemmt.

Nach § 32a Abs. 2 Satz 1 KStG kann, soweit gegenüber dem Gesellschafter ein Steuerbescheid oder ein Feststellungsbescheid hinsichtlich der Berücksichtigung einer verdeckten Einlage erlassen, aufgehoben oder geändert wird, ein Steuerbescheid gegenüber einer Körperschaft, welcher der Vermögensvorteil zugewendet wurde, aufgehoben, erlassen oder geändert werden. Die Formulierung "kann" legt zwar ein Entschließungs- und Auswahlermessen der Finanzverwaltung nahe. Es ist aber nicht von der Hand zu weisen, dass das der Finanzverwaltung eingeräumte Ermessen in den Fällen des§ 32a KStG regelmäßig auf Null reduziert wird, wenn die Steuerfestsetzung für den Gesellschafter ohne die Änderung sachlich unrichtig wäre und daher jede andere Entscheidung als die der Änderung der unrichtigen Steuerfestsetzung als ermessenswidrig beurteilt werden müsste (BFH-Beschluss vom 20. März 2009 VIII B 170/08, a.a.O., m.w.N.).

Der Gesetzgeber wollte mit den durch das JStG 2007 erfolgten Neuregelungen des § 32a KStG und den damit korrespondierenden Änderungen des § 3 Nr. 40 Satz 1 Buchst. d EStG bzw. des § 8b KStG auf eine korrespondierende Besteuerung von verdeckten Gewinnausschüttungen und verdeckten Einlagen hinwirken.§ 32a KStG ist damit vom Gesetzgeber im Ergebnis - unter Durchbrechung des Trennungsprinzips - auf die Kongruenz der Besteuerung der Ebenen der Gesellschaft bzw. des Anteilseigners angelegt (vgl. Drucksache des Deutschen Bundestages - BTDrucks - 16/3368, S. 16, 21; Drucksache des Bundesrates - BRDrucks - 622/06, S. 62, 121 f.).

aa)

Nach § 32a Abs. 2 Satz 2 KStG i.V.m. § 32a Abs. 1 Satz 2 KStG endet die Festsetzungsfrist für die Steuerfestsetzung gegenüber der Körperschaft insoweit nicht vor Ablauf eines Jahres nach Unanfechtbarkeit des Steuerbescheides oder Feststellungsbescheides gegenüber dem Gesellschafter.

Die Regelung des § 32a Abs. 2 Satz 2 KStG i.V.m. § 32a Abs. 1 Satz 2 KStG führt nicht zu einem Wiederaufleben einer bereits abgelaufenen Festsetzungsfrist, sondern lediglich zu einer Hemmung einer noch andauernden Festsetzungsfrist. Insofern ist der Wortlaut der Norm ("Die Festsetzungsfrist endet insoweit nicht...") eindeutig und verbietet eine andere Auslegung. Auch in entsprechender Anwendung der Rechsprechung des BFH zur Auslegung von § 171 Abs. 10 AO bewirkt § 32a Abs. 1 Satz 2 KStG nicht, dass eine zunächst abgelaufene Festsetzungsfrist durch den Erlass eines - i.S. des § 32a KStG korrespondierenden - Steuerbescheides insoweit wieder in Lauf gesetzt wird; vielmehr ist der Ablauf der Festsetzungsfrist gehemmt, soweit und solange in offener Festsetzungs-/Feststellungsfrist ein korrespondierender Steuerbescheid noch zulässig ergehen kann (vgl. BFH-Urteil vom 30. November 1999 IX R 41/97, a.a.O.).

bb)

Die ablaufhemmende Regelung greift - entgegen der Ansicht des Beklagten - nach dem Wortlaut des Gesetzes erstmals für die Zeit nach dem 18. Dezember 2006 und damit im Streitfall nicht mit Ablauf des Jahres 2002 Platz.

In § 34 Abs. 13 b KStG i.d.F. vom 13. Dezember 2006 bzw. Abs. 13 c ab der Fassung vom 10. Oktober 2007 ist bestimmt, dass § 32a KStG i.d.F. des Art. 4 des JStG 2007erstmals anzuwenden ist, wenn nach dem 18. Dezember 2006 ein Steuerbescheid erlassen, aufgehoben oder geändert wird; bei Aufhebung oder Änderung gilt dies auch dann, wenn der aufzuhebende oder zu ändernde Steuerbescheid vor dem 18. Dezember 2006 erlassen worden ist. Nur in den Fällen eines nach diesem Datum ergangenen Bescheides gegenüber dem Gesellschafter kann also die einzelgesetzliche Änderungsvorschrift des § 32a Abs. 2 KStG und damit die Ablaufhemmung nach § 32a Abs. 2 Satz 2 KStG i.V.m. § 32a Abs. 1 Satz 2 KStG Anwendung finden, die eine korrespondierende Regelung (Erlass, Aufhebung oder Änderung) auf der Ebene der Körperschaft ermöglicht, welcher der Vermögensvorteil zugewendet wurde.

Damit hat der Gesetzgeber deutlich zum Ausdruck gebracht, dass die Regelungen in § 32a KStG insgesamt erst ab dem Datum 18. Dezember 2006 Gültigkeit besitzen und Rechtwirkungen erzielen sollen. Somit werden lediglich Festsetzungsfristen nach § 32a Abs. 1 Satz 2 KStG (ggfs. i.V.m. § 32a Abs. 2 Satz 2 KStG) gehemmt, die in diesem Zeitpunkt - anders als im Streitfall - noch nicht abgelaufen waren.

Dem Beklagten ist zuzugeben, dass diese am Wortlaut orientierte Auslegung des erkennenden Senats zu § 34 Abs. 13 b KStG i.d.F. vom 13. Dezember 2006 bzw. Abs. 13 c ab der Fassung vom 10. Oktober 2007 dem Willen des Gesetzgebers widerspricht. Denn aus den Gesetzesmaterialien wird deutlich, dass der Gesetzgeber die Änderungsmöglichkeit nach § 32a KStG auch in Fällen mit bereits abgelaufener Festsetzungsfrist eröffnen wollte. In den Materialien findet sich insoweit folgende Formulierung (vgl. BT-Drucks 16/2712, S. 72; BR-Drucks 622/06, S. 122):

"Nach dem neuen Absatz 13b findet der neue § 32a KStG auch dann Anwendung, wenn im Zeitpunkt dieses Gesetzes die Festsetzungsfrist beim Anteilseigner bereits abgelaufen war."

Der erkennende Senat verkennt auch nicht, dass diese Sichtweise in der Literatur - im Wesentlichen unreflektiert - übernommen worden ist (so auch: Bauschatz in Gosch, KStG, 2. Aufl. 2009, § 32a Rz 1; Lang in Dötsch/Jost/Pung/Witt, "Die KSt", § 32a Rz 62; Tetzlaff/Schallock, Steuer- und Bilanzpraxis 2007, 51).

Die Auslegung verbietet sich aber angesichts des Wortlauts der Vorschrift § 34 Abs. 13 b KStG i.d.F. vom 13. Dezember 2006 bzw. Abs. 13 c ab der Fassung vom 10. Oktober 2007. Der Wille des Gesetzgebers findet keinen Anknüpfungspunkt im Wortlaut der Norm, der die Grenze des Auslegungsrahmens bildet. Eine rückwirkende Anwendung von§ 32a KStG auf Zeiträume vor dem 18. Dezember 2006 ist der Norm nicht zu entnehmen. Zur Umsetzung seines Willens, auch bereits durch Ablauf der Festsetzungsfrist rechtlich nicht mehr änderbare Festsetzungen wieder rückwirkend in den Stand änderbarer Festsetzungen versetzen zu wollen, hätte der Gesetzgeber - soweit dies überhaupt rechtlich zulässig gewesen wäre - dies eindeutig im Gesetz regeln müssen. Dies ist aber unterblieben. Eine Regelung über die rückwirkende Anwendung von § 32a KStG sucht man in § 34 KStG vergebens.

Diese restriktive am Wortlaut des Gesetzes orientierte Auslegung gebietet sich aus Sicht des erkennenden Senats auch vor dem Hintergrund anderenfalls bestehender verfassungsrechtlicher Bedenken. Denn begriffe man die Regelungen § 32a Abs. 1 Satz 2 KStG i.V.m. § 34 Abs. 13 b KStG i.d.F. vom 13. Dezember 2006 bzw. Abs. 13 c ab der Fassung vom 10. Oktober 2007 entsprechend der Gesetzesmaterialien, dass in Fällen, in denen die Festsetzungsfrist bereits im Zeitpunkt des Inkrafttreten von § 32a KStG abgelaufen war, eine Änderungsmöglichkeit der Festsetzung durch nachträgliche Hemmung der Festsetzungsfrist entgegen § 169 Abs. 1 Satz 1 AO wieder eröffnet wird, wäre der Grundsatz rechtsstaatlichen Vertrauensschutzes aus Art. 2 Abs. 1 i.V.m.Art. 20 Abs. 3 des Grundgesetzes berührt.

Nach der ständigen Rechtsprechung des Bundesverfassungsgerichts (BVerfG) ist der Erlass von Gesetzen mit echter Rückwirkung grundsätzlich unzulässig; belastende Steuergesetze dürfen ihre Wirksamkeit daher grundsätzlich nicht auf bereits abgeschlossene Tatbestände erstrecken oder schutzwürdiges Vertrauen ohne hinreichende Rechtfertigung anderweitig enttäuschen. Demgegenüber sind Gesetze mit unechter Rückwirkung, die auf gegenwärtige, noch nicht abgeschlossene Sachverhalte und Rechtsbeziehungen für die Zukunft einwirken grundsätzlich zulässig, auch wenn sie damit zugleich die betroffene Rechtsposition nachträglich entwerten (vgl.BVerfG-Beschluss vom 15. Oktober 2008 1 BvR 1138/06, BFH/NV 2009, 110, m.w.N.).

Diese Grundsätze über die den Gesetzgeber in seiner Gestaltungsfreiheit begrenzende Wirkung des Vertrauensschutzes beim Erlass rückwirkender Gesetze sind zwar nicht uneingeschränkt auf die Änderbarkeit bestandskräftiger Bescheide im Verwaltungs- und Steuerrecht übertragbar. Bei der Frage nach der Zulässigkeit der Aufhebung oder Änderung auch bestandskräftiger Verwaltungsentscheidungen hat das BVerfG aber stets die Befugnis des Gesetzgebers zur Ausgestaltung des hierbei jeweils auftretenden Konflikts zwischen Rechtssicherheit, Rechtsfrieden, Gerechtigkeit und Gesetzmäßigkeit der Verwaltung betont und die Beachtung des Grundsatz des Vertrauensschutzes gefordert (vgl. BVerfG-Beschluss vom 10. Juni 2009 1 BvR 571/07, BFH/NV 2009, 1578, m.w.N.). Für den Bürger muss eine gewisse Vorhersehbarkeit staatlicher Entscheidungen gegeben sein, die ihm damit die Möglichkeit gewährt, sich auf die staatlichen Entscheidungen einzustellen und einzurichten. Die gebotene Beachtung des Vertrauensschutzes führt aber nicht in jedem Fall zu dem Ergebnis, dass jegliche einmal erworbene Position ungeachtet der wirklichen Rechtslage Bestand haben muss. Erforderlich ist vielmehr eine an den Kriterien der Verhältnismäßigkeit und der Zumutbarkeit im Einzelfall vorzunehmende Prüfung, ob jeweils die Belange des Allgemeinwohls, wie etwa die Wiederherstellung der Gesetzmäßigkeit der Verwaltung, oder die Interessen des Einzelnen am Fortbestand einer Rechtslage, auf die er sich eingerichtet und auf deren Fortbestand er vertraut hat, den Vorrang verdienen (vgl. BVerfG-Beschluss vom 10. Juni 2009 1 BvR 571/07, a.a.O.).

Für die im Streitfall zu befindende Anwendung des § 32 a KStG bedeutet dies, dass der Steuerpflichtige nach Ablauf der Festsetzungsfrist darauf vertrauen kann, dass die Steuerfestsetzung ihm gegenüber nicht mehr geändert wird. Dieses Vertrauen ist in der gesetzlichen Regelung des § 169 Abs. 1 Satz 1 AO normativ verankert. Es kann die Planungssicherheit des Steuerpflichtigen gerade im unternehmerischen Bereich empfindlich beeinträchtigen, wenn er verjährte Steuervorgänge nicht endgültig als erledigt betrachten kann, weil er aus Anlass damit zusammenhängender Steuervorgänge immer noch Änderungen befürchten muss.

Der erkennende Senat kann angesichts der gewonnenen Auslegung zum zeitlichen Anwendungsbereich von § 32a Abs. 1 Satz 2 KStG dahinstehen lassen, ob tatsächlich eine rückwirkende Hemmung der Festsetzungsfrist im Spannungsfeld von Vertrauensschutz des einzelnen und gesetzgeberischem Spielraum im Ausgleich zwischen Rechtssicherheit und materieller Gerechtigkeit möglich gewesen wäre. Jedenfalls wird die hier gewonnene Sichtweise auch der erkannten verfassungsrechtlichen Problematik gerecht.

Diese Auslegung widerspricht auch nicht dem Sinn und Zweck der gesetzlichen Regelung. Denn die vom Gesetzgeber beabsichtigte Kongruenz der Besteuerung der Ebenen der Gesellschaft und des Anteilseigners durch eine korrespondierende Besteuerung von verdeckten Gewinnausschüttungen und verdeckten Einlagen wird durch die hier vertretene Anwendungsformel von § 32a KStG lediglich in Fälle mit vor dem 18. Dezember 2006 abgelaufener Festsetzungsfrist nicht erreicht, im Übrigen aber ab Inkrafttreten des § 32a KStG vollumfänglich gewährleistet. Insoweit greift dann auch die festsetzungsfristablaufhemmende Wirkung des§ 32a Abs. 1 Satz 2 KStG (ggfs. i.V.m. § 32a Abs. 2 Satz 2 KStG) für in diesem Zeitpunkt noch offene Festsetzungsfristen, so dass die Kongruenz der Besteuerung vollzogen werden kann.

d)

Die Änderung der Körperschaftsteuerfestsetzung durch Bescheid vom 23. März 2009 war demzufolge wegen des inzwischen eingetretenen Ablaufs der Festsetzungsfrist nicht möglich (§ 169 Abs. 1 Satz 1 AO), der Bescheid mithin rechtswidrig.

2.

Die im Übrigen angefochtenen Änderungsbescheide sind rechtswidrig und verletzen die Klägerin in ihren Rechten, da der Beklagte nicht berechtigt war, diese zu erlassen. Die Änderungen stützen sich auf den Umstand, dass der Änderungsbescheid für 1996 über Körperschaftsteuer, Solidaritätszuschlag und die Feststellung nach § 47 Abs. 2 KStG vom 23. März 2009 Grundlagenbescheid für die Feststellungsbescheide des verbleibenden Verlustabzugs sowie der Teilbeträge des verwendbaren Eigenkapitals nach § 47 Abs. 1 Satz 1 KStG zum 31. Dezember 1996 ist und im Übrigen Folgebescheide bzw. Folgeänderungen gegeben sind. Da der Änderungsbescheid für 1996 über Körperschaftsteuer, Solidaritätszuschlag und die Feststellung nach § 47 Abs. 2 KStG nicht ergehen durfte, sind die Voraussetzungen der Änderungsnormen § 175 Abs. 1 Nr. 1 AO, § 10d Abs. 3 Sätze 4 und 5 EStG, § 35b Abs. 1 und Abs. 2 GewStG jeweils nicht gegeben.

3.

Die Kostenentscheidung beruht auf § 135 Abs. 1 FGO. Die Entscheidung über die Vollstreckbarkeit folgt aus § 151 Abs. 1, 3 FGO i.V.m. mit §§ 708 Nr. 10, 711 der Zivilprozessordnung.

4.

Die Revision wird gemäß § 115 Abs. 2 Nr. 2 FGO zugelassen, da eine Entscheidung des BFH zur Auslegung des § 32a Abs. 1 Satz 2 KStG, seiner zeitlichen Anwendung und damit zur Fortbildung des Rechts erforderlich ist.