Die Klage ist begründet. Die angefochtenen Bescheide sind in dem von der Klägerin gerügten Umfang rechtswidrig und verletzen die Klägerin in ihren Rechten.

Der Gewinnminderungsausschluss des § 8b Abs. 3 KStG greift im Streitfall nicht ein. Nach dieser Vorschrift sind Gewinnminderungen, die im Zusammenhang mit dem in Absatz 2 genannten Anteil entstehen, bei der Gewinnermittlung nicht zu berücksichtigen. In § 8b Abs. 2 KStG sind u.a. Anteile an Körperschaften, deren Leistungen beim Empfänger zu Einnahmen im Sinne des § 20 Abs. 1 Nr. 1 Einkommensteuergesetz (EStG) gehören, aufgeführt. Hierzu zählen Anteile an Gesellschaften mit beschränkter Haftung.

Teilwertabschreibungen auf eigenkapitalersetzende Darlehen zählen nicht zu den Gewinnminderungen, die im Zusammenhang mit dem in Absatz 2 genannten Anteil entstehen. Dem Finanzamt ist zuzugestehen, dass der Wortlaut des § 8b Abs. 3 KStG auch die von ihm vertretene gegenteilige Auslegung zulässt. Die Teilwertabschreibung eigenkapitalersetzender Darlehen ist eine Gewinnminderung. Die Auslegung der Norm anhand ihrer Entstehungsgeschichte, nach ihrem Sinn und Zweck sowie ihrer systematischen Stellung führt jedoch dazu, den Gewinnminderungsausschluss nicht auf Wertminderungen eigenkapitalersetzender Darlehen zu erstrecken. Sie stehen nicht "im Zusammenhang mit den in Absatz 2 genannten Anteilen". Eigenkapitalersetzende Darlehen sind, was auch das Finanzamt nicht bestreitet, eigenständige, neben der Beteiligung stehende Wirtschaftsgüter. § 8b Abs. 3 KStG erfasst aber lediglich Gewinnminderungen, die den Anteil betreffen (Wertminderungen des Anteils durch (einmalige) Substanz- bzw. Vermögensminderungen), sich also aus der ertragsteuerlichen Behandlung des Anteils selbst ergeben, und nicht jegliche mit dem Anteil zusammenhängenden Aufwendungen (Gosch, Körperschaftsteuergesetz, § 8b, 280; Watermeyer in Herrmann/Heuer/Raupach, Kommentar zur Einkommensteuer und Körperschaftsteuer, § 8b KStG, 85; Blümich/Menck, Kommentar zu Einkommensteuergesetz, Körperschaftsteuergesetz, Gewerbesteuergesetz und Nebengesetzen, § 8b KStG, 132b; Pung in Dötsch/Jost/Pung/Witt, Die Körperschaftsteuer, § 8b, 47 m. zahlr. w. N.; Rödder/Stangl, DStR 2005, 354; Plewka/Klümpen-Neusel, NJW 2008, 901, 904). Dem BFH-Urteil vom 21. August 2007 (I R 76/06, BFH/NV 2008, 247) lässt sich hingegen keine Aussage zu der hier entscheidenden Rechtsfrage entnehmen. Aus ihm ist zwar zu folgern, dass "immer dann", wenn substanzbezogene Gewinnminderungen eintreten, § 8b Abs. 3 KStG anwendbar ist. Ihm lässt sich aber nicht entnehmen, dass das "nur dann" der Fall ist.

Aus dem Umstand, dass § 8b Abs. 3 KStG durch Art. 2 Nr. 4 Buchst. c des Gesetzes zur Fortentwicklung des Unternehmenssteuerrechts vom 20. Dezember 2001 (Bundesgesetzblatt I, 3858) neu gefasst worden ist, lässt sich nicht folgern, mit der Gesetzesänderung sei eine Erstreckung auch auf eigenkapitalersetzende Darlehen beabsichtigt gewesen. Die auf den Streitfall anzuwendende Fassung (Gewinnminderungen, die im Zusammenhang mit dem in § 8b Abs. 2 KStG genannten Anteil entstehen,...) ersetzte zwar eine Aufzählung einzelner Gewinnminderungstatbestände, die bei der Gewinnermittlung nicht zu berücksichtigen waren ("Gewinnminderungen, die durch den Ansatz des niedrigeren Teilwerts des in Absatz 2 genannten Anteils oder durch Veräußerung des Anteils oder bei Auflösung oder Herabsetzung des Nennkapitals entstehen,..."). Die auf Initiative des Finanzausschusses beschlossene Änderung des § 8b Abs. 3 KStG wurde im Gesetzgebungsverfahren aber nur damit begründet, sie solle klarstellen, dass "u.a. auch in den Fällen des § 21 Abs. 2 UmwStG die entsprechende Gewinnminderung steuerlich nicht berücksichtigt wird" (vgl. den Regierungsentwurf zum Unternehmenssteuerreformgesetz BT-Drs. 14/6882, 36, einerseits sowie die Beschlussempfehlung des Finanzausschusses BT-Drs. 14/7343, 16 f, nebst Begründung BT-Drs. 14/7344, 9, andererseits). Nach Watermeyer (in Herrmann/Heuer/Raupach, Kommentar zur Einkommensteuer und Körperschaftsteuer, § 8b KStG, 80 m.w.N.) habe zudem die Streitfrage geklärt werden sollen, ob auch Verluste aus verdeckten Einlagen von dem Gewinnminderungsausschluss erfasst werden. Auch in den vom Finanzausschuss und Watermeyer angesprochenen Fällen geht es aber um Wertveränderungen in der Substanz der Anteile. Von einem allgemeinen Abzugsverbot auch nicht den Anteil selbst betreffender Aufwendungen oder einem speziellen Gewinnminderungsausschluss der Wertminderungen eigenkapitalersetzender Darlehen ist - soweit ersichtlich - im Gesetzgebungsverfahren nicht die Rede gewesen.

Zweck der Norm ist es nicht, die Abzugsfähigkeit von laufenden Betriebsausgaben, die nicht die Substanz der Anteile betreffen, zu regeln. Dies ergibt sich aus dem Wortlaut "im Zusammenhang mit den in Absatz 2 genannten Anteilen". § 8b Abs. 2 KStG regelt die Steuerfreiheit einmaliger Gewinne aus Kapitalbeteiligungen. § 8b Abs. 3 KStG bezieht sich daher auf einmalige, die Substanz betreffende Vorgänge im Sinne des § 8b Abs. 2 KStG (Gosch a.a.O.; Pung a.a.O.). Laufende Erträge und Aufwendungen fallen in den Anwendungsbereich von § 8b Abs. 1 und 5 KStG i.V.m. § 3c Abs. 1 EStG, während Substanzveränderungen der Anteile von § 8b Abs. 2 und 3 KStG erfasst werden. Die Änderung des § 8b Abs. 3 KStG beabsichtigte lediglich eine Klarstellung, womit die in der vorherigen Fassung des Gesetzes genannten Tatbestandsmerkmale die grundlegenden Anhaltspunkte für die Auslegung der Norm bilden (Rödder/Stangl, DStR 2005, 354, Fn. 17). Auch in Textziffer 26 des Anwendungserlasses zu § 8b KStG (BMF-Schreiben vom 28. April 2003, BStBl I, 292) sind, wenn auch nicht abschließend ("insbesondere"), nur Gewinnminderungen aufgezählt, die die Substanz der Anteile betreffen.

Kommt es auf eine Auswirkung auf die Substanz der Anteile an, kann sich ein "Zusammenhang" im Sinne des § 8 Abs. 3 KStG eines eigenkapitalersetzenden Darlehens mit dem im Betriebsvermögen gehaltenen Anteil nicht aus der ständigen Rechtsprechung zur Berücksichtigung von Wertminderungen eigenkapitalersetzender Darlehen als nachträgliche Anschaffungskosten bei im Privatvermögen gehaltenen Beteiligungen im Rahmen des § 17 EStG (vgl. z.B. BFH-Urteil vom 12. Dezember 2000 VIII R 22/92, BStBl II 2001, 385) ergeben. Bei der Anwendung des § 17 EStG gilt eine normspezifische, am objektiven Nettoprinzip orientierte Auslegung des Anschaffungskostenbegriffs, die außerhalb des § 17 EStG unbeachtlich und deswegen auf Anteile im Betriebsvermögen nicht anwendbar ist (BFH-Beschluss vom 16. Mai 2001 I B 143/00, BStBl II 2002, 436; Gosch, Körperschaftsteuergesetz, § 8b, 276). Diese Rechtsauffassung wird auch vom VIII. Senat des BFH geteilt (BFH-Urteil vom 18. Dezember 2001 VIII R 27/00, BStBl II 2002, 733). Es gibt keine Rechtfertigung für eine vergleichbar extensive Auslegung des § 8b Abs. 3 KStG (Rödder/Stangl a.a.O., 357).

Die bei der Gewährung eigenkapitalersetzender Darlehen gegebene gesellschaftsrechtliche Veranlassung des Vorgangs begründet ebenfalls keinen Zusammenhang mit den Anteilen im Sinne des § 8b Abs. 3 KStG (a.A. Buchna/Sombrowski, DB 2004, 1956). Die Vorschrift ist nur anwendbar, wenn eine Gewinnminderung im Zusammenhang mit den Anteilen steht. Dies erfordert, wie dargelegt, eine Substanz- oder Vermögensminderung des Anteils selbst. Daran fehlt es aber bei einer Teilwertabschreibung eines eigenkapitalersetzenden Darlehens.

Die vom Finanzamt vorgetragenen steuersystematischen Bedenken rechtfertigen keine andere Entscheidung. Sie wäre nicht widerspruchsfrei. Würde eine Teilwertabschreibung eines eigenkapitalersetzenden Darlehens steuerlich unberücksichtigt bleiben, würde im Fall des Verzichts der nicht werthaltige Teil des Darlehens bei der Kapitalgesellschaft zu einem Ertrag, und es träte eine Doppelbelastung ein, die anders als in § 4 Abs. 5 EStG durch das Gesetz nicht ausdrücklich angeordnet wäre (vgl. im Einzelnen Rödder/Stangl a.a.O., 358 und Fn. 66). Die gesetzliche Regelung ist hingegen folgerichtig, wenn man auf den Anteilseigner abstellt. Der Steuerfreiheit des Gewinns aus der Veräußerung des Anteils nach § 8b Abs. 2 KStG steht als "Kehrseite der Medaille" der Ausschluss der Abzugsfähigkeit von Gewinnminderungen, die im Zusammenhang mit dem Anteil stehen, gemäß § 8b Abs. 3 KStG gegenüber.

Die Höhe der Teilwertabschreibung ist zwischen den Beteiligten unstreitig. Fehler sind insoweit nicht ersichtlich.

Die Ausrechnung der festzusetzenden bzw. festzustellenden Steuern und Beträge wird dem Finanzamt übertragen (§ 100 Abs. 2 Satz 2 Finanzgerichtsordnung - FGO).

Die Revision wird wegen grundsätzlicher Bedeutung der Rechtssache zugelassen (§ 115 Abs. 2 Nr. 1 FGO). Die zu klärende Rechtsfrage betrifft zwar ausgelaufenes Recht. Die Beteiligten haben jedoch in der mündlichen Verhandlung erklärt, die Rechtsfrage sei noch für weitere Verfahren von Bedeutung.

Die Kostenentscheidung beruht auf § 135 Abs. 1 FGO. Die Entscheidung über die vorläufige Vollstreckbarkeit beruht auf § 151 Abs. 1 und 3 FGO i.V.m. §§ 708 Nr. 10, 711 Zivilprozessordnung (ZPO).