Die Klage ist unbegründet.

1.

Bei Erteilung der angefochtenen Bescheide war die Feststellungsfrist noch nicht abgelaufen.

Nach § 169 Abs. 2 Satz 1 Nr. 2 i.V.m. § 181 Abs. 1 Satz 1 AO beträgt die Feststellungsfrist vier Jahre. Diese begann für beide Streitjahre mit Ablauf des Jahres 2003, in dem die Feststellungserklärungen bei dem FA eingereicht wurden (§ 170 Abs. 2 Satz 1 Nr. 1 i.V.m.§ 181 Abs. 1 Satz 1 und 2 AO), und konnte daher nicht vor Ablauf des Jahres 2007 enden. Zu diesem Zeitpunkt hatte das Finanzamt G aber bereits mit einer Außenprüfung begonnen, die sich auch auf die Feststellung der Einkünfte der Streitjahre erstreckte, so dass die Feststellungsfrist bis zur Unanfechtbarkeit der aufgrund der Außenprüfung zu erlassenden Bescheide gehemmt ist (§ 171 Abs. 4 Satz 1 i.V.m. § 181 Abs. 1 Satz 1 AO).

Die Verjährungshemmung wird nicht durch die Unwirksamkeit der Prüfungsanordnung ausgeschlossen. Nach ständiger Rechtsprechung des BFH hängt die mit der Durchführung einer Außenprüfung verbundene Verjährungshemmung davon ab, dass die zugrunde liegende Prüfungsanordnung wirksam geworden ist. Dies setzt nicht nur deren Bekanntgabe (§ 122 AO), sondern auch voraus, dass die Anordnung hinreichend bestimmt ist, insbesondere zu erkennen gibt, welcher Steuerpflichtige die Außenprüfung zu dulden hat (§ 197 Abs. 1 Satz 1, § 119 Abs. 1 AO; BFH-Urteile vom 13. Oktober 2005 IV R 55/04, BFHE 211, 387, BStBl. II 2006, 404; vom 25. April 2006 VIII R 46/02, BFH/NV 2006, 2037).

Nach § 197 Abs. 1 Satz 1 AO ist die Prüfungsanordnung dem Steuerpflichtigen, bei dem die Außenprüfung durchgeführt werden soll, angemessene Zeit vor Beginn der Prüfung bekannt zu geben, wenn der Prüfungszweck dadurch nicht gefährdet wird. Steuerpflichtige im Sinne dieser Vorschrift kann auch eine Personengesellschaft sein, sofern sie - wie die Klägerin - einen Gewerbebetrieb unterhält. Dabei ist die Personengesellschaft auch insoweit Prüfungssubjekt und damit Inhaltsadressat der Prüfungsanordnung, als sich die Prüfung - wie im Streitfall - auf die einheitliche und gesonderte Feststellung der Einkünfte bezieht (ständige Rechtsprechung des BFH: vgl. Urteile vom 16. November 1989 IV R 29/89, BFHE 159, 28, BStBl. II 1990, 272; vom 13.September 1990 IV R 57/89, BFH/NV 1991, 716; vom 1. Oktober 1992 IV R 60/91, BFHE 169, 294, BStBl. II 1993, 82).

Hiervon zu unterscheiden ist die Frage, wem die für die Personengesellschaft bestimmte Prüfungsanordnung bekannt zu geben ist. Da die Personengesellschaft als solche nicht handlungsfähig ist (vgl. § 79 Abs. 1 Nr. 3 AO), muss die Prüfungsanordnung - mit Wirkung für die Gesellschaft - den Geschäftsführern, die nach § 34 Abs. 1 AO die steuerlichen Pflichten der Personengesellschaft zu erfüllen haben, oder, sofern Geschäftsführer nicht vorhanden sind (§ 34 Abs. 2 AO), den Gesellschaftern bekannt gegeben werden (BFH-Urteil in DStRE 2008, 341 [BFH 26.06.2007 - IV R 75/05]).

Hiernach hat das Finanzamt G die für die Klägerin bestimmte Prüfungsanordnung zu Recht Z bekannt gegeben, weil diese als Geschäftsführerin der A-GmbH zugleich mittelbare Geschäftsführerin der Klägerin war. Der Umstand, dass das Finanzamt G die Rechtsverhältnisse, aus denen sich die Befugnis zur Entgegennahme der für die Klägerin bestimmten Prüfungsanordnung ergab, nicht offengelegt hat, ist für die Wirksamkeit der Bekanntgabe ohne Bedeutung. Ein solcher Hinweis ist zwar in AEAO zu § 197 Nr. 2.2 Satz 3 vorgesehen und im Interesse größtmöglicher Klarheit zweckmäßig und wünschenswert. Sein Fehlen hat aber jedenfalls dann keinen Einfluss auf die Wirksamkeit der Bekanntgabe, wenn das Prüfungssubjekt aus dem sonstigen Inhalt der Verfügung mit einer jeden Zweifel ausschließenden Sicherheit entnommen werden kann (BFH-Urteil in DStRE 2008, 341, [BFH 26.06.2007 - IV R 75/05] unter II. 1 c bb am Ende, m.w.N.).

So verhält es sich im Streitfall. In der Prüfungsanordnung vom 31. Juli 2007 ist die Klägerin unter Angabe der zutreffenden Steuernummer als die zu prüfende Steuerpflichtige bezeichnet. Ungeachtet des ihrem Namen beigefügten Zusatzes "in Fa. B-GmbH" konnte für Z daher kein Zweifel daran bestehen, dass ihr der Verwaltungsakt als Geschäftsführerin (und Vertreterin) der Klägerin und nicht als Prokuristin der - an der Klägerin überhaupt nicht beteiligten - B-GmbH bekanntgegeben werden sollte. Dies gilt umso mehr, als die Präposition "in" nicht auf ein Vertretungsverhältnis hindeutet, sondern sich zwanglos als rein postalischer Zusatz auffassen lässt, der darauf zurückzuführen ist, dass die Klägerin und die B-GmbH dieselbe Postanschrift haben.

2.

Die Bescheide sind auch materiell rechtmäßig.

a) Die Klägerin hat die Ansprüche gegen die B-GmbH auf Durchführung der zu den jeweiligen Abschlussstichtagen an den Pachtgegenständen erforderlich gewordenen, aber noch nicht durchgeführten Instandsetzungsmaßnahmen in ihren Handels- und Steuerbilanzen zu aktivieren (§ 4 Abs. 1 Satz 1, § 5 Abs. 1 Satz 1 des Einkommensteuergesetzes - EStG -, § 246 Abs. 1 Satz 1, § 266 Abs. 2 Buchstabe B. II. 1 des Handelsgesetzbuchs - HGB -).

aa) Nach den für die Klägerin maßgeblichen handelsrechtlichen Grundsätzen ordnungsmäßiger Buchführung sind Ansprüche und Verbindlichkeiten aus schwebenden Geschäften grundsätzlich nicht zu berücksichtigen, weil während des Schwebezustands die widerlegbare Vermutung besteht, dass sich die wechselseitigen Rechte und Pflichten aus dem Vertrag wertmäßig ausgleichen (ständige Rechtsprechung des BFH: vgl. z.B. Urteile vom26. August 1992 I R 24/91, BFHE 169, 163, BStBl. II 1992, 977; vom 25. Januar 1984 I R 7/80, BFHE 140, 449, BStBl. II 1984, 344; vom 26. Juni 1980 IV R 35/74, BFHE 130, 533, BStBl. II 1980, 506; vom 7. September 1954 I 50/54 U, BFHE 59, 311, BStBl. III 1954, 330). Ein Bilanzausweis ist nur geboten, wenn und soweit das Gleichgewicht solcher Vertragsbeziehungen durch Vorleistungen oder Erfüllungsrückstände eines Vertragspartners gestört ist oder aus diesem Geschäft ein Verlust droht (BFH-Urteile vom 25. Oktober 1994 VIII R 65/91, BFHE 176, 359, BStBl. II 1995, 312; vom 15. April 1993 IV R 75/91, BFHE 171, 434; vom 4. Juni 1991 X R 136/87, BFHE 165, 349, [BFH 04.06.1991 - X R 136/87] BStBl. II 1992, 70 und vom 3. Dezember 1991 VIII R 88/87, BFHE 167, 322, BStBl II 1993, 89, m.w.N.). Diese Bilanzierungsgrundsätze gelten nicht nur für gegenseitige Verträge, die auf einen einmaligen Leistungsaustausch gerichtet sind, sondern auch für Dauerschuldverhältnisse (ständige Rechtsprechung des BFH: vgl. z.B. Urteile in BFHE 176, 359, [BFH 25.10.1994 - VIII R 65/91] BStBl II 1995, 312, m.w.N.; vom 3. Februar 1993 I R 37/91, BFHE 170, 247, BStBl II 1993, 441; vom 11. Februar 1988 IV R 191/85, BFHE 153, 23, BStBl II 1988, 661; vom 25. Februar 1986 VIII R 377/83, BFHE 146, 146, BStBl II 1986, 465, m.w.N.).

Sie sind damit auch auf den hier zu beurteilenden Pachtvertrag zwischen der Klägerin und der B-GmbH anzuwenden. Dieser zeichnet sich dadurch aus, dass der Verpflichtung der Verpächterin zur Überlassung der Pachtsache nicht nur die Verpflichtung des Pächters zur Zahlung des Pachtzinses, sondern auch dessen Verpflichtung zur Instandhaltung und Instandsetzung der Pachtgegenstände gegenüberstand. Daraus folgt, dass das Pachtverhältnis zu den jeweiligen Bilanzstichtagen nur dann ausgeglichen war, wenn die B-GmbH nicht nur den Pachtzins für die bis dahin abgelaufenen Pachtzahlungszeiträume gezahlt, sondern auch die bis dahin erforderlich gewordenen Instandhaltungs- bzw. Instandsetzungsmaßnahmen durchgeführt hatte. Soweit dies nicht der Fall war, befand sich die B-GmbH in einem Erfüllungsrückstand, dem diese durch Bildung einer Rückstellung und die Klägerin durch Aktivierung eines entsprechenden Anspruchs Rechnung zu tragen hatte.

bb) Die Aktivierung des Instandsetzungsanspruchs verstößt nicht gegen das Verbot des Ausweises nichtrealisierter Gewinne (§ 252 Abs. 1 Nr. 4 HGB), weil die Klägerin zu den jeweiligen Bilanzstichtagen ihrer Überlassungspflicht gegenüber der Pächterin nachgekommen war, so dass die bis dahin begründeten Instandsetzungspflichten der B-GmbH nicht mehr von einer von der Klägerin zu erbringenden Gegenleistung abhängig waren (vgl. BFH-Urteil vom 20. Mai 1992 X R 49/89, BFHE 168, 182, BStBl. II 1992, 904).

cc) Der Aktivierung des Instandsetzungsanspruchs steht auch nicht entgegen, dass dieser Anspruch nicht einzelveräußerbar ist. Für die Annahme eines aktivierungspflichtigen Wirtschaftsguts reicht es aus, dass der in ihm verkörperte Vermögenswert greifbar ist und zusammen mit dem Unternehmen übertragen werden kann (ständige Rechtsprechung des BFH: vgl. z.B. Urteile vom 4. Dezember 1991 I R 148/90, BFHE 166, 472, BStBl. II 1992, 383, und vom 26. Februar 1975 I R 72/73, BFHE 115, 243, BStBl. II 1976, 13). Greifbar ist ein Vermögenswert, wenn ein Erwerber des Unternehmens für ihn im Rahmen der Kaufpreisbemessung ein besonderes Entgelt ansetzen würde (ständige Rechtsprechung des BFH: vgl. z.B. Urteile vom 17. Februar 1998 VIII R 28/95, BFHE 186, 29, [BFH 17.02.1998 - VIII R 28/95] BStBl II 1998, 505; vom 10. August 1989 X R 176-177/87, BFHE 158, 53, BStBl II 1990, 15; vom 8. April 1992 XI R 34/88, BFHE 168, 124, [BFH 08.04.1992 - XI R 34/88] BStBl. II 1992, 893; vom 9. Juli 1986 I R 218/72, BFHE 147, 412, [BFH 09.07.1986 - I R 218/82] BStBl. II 1987, 14). Daran bestehen im Streitfall ebenso wenig Zweifel wie an der Möglichkeit, den Anspruch zusammen mit dem Unternehmen zu übertragen.

dd) Entgegen der von der Klägerin vertretenen Ansicht ist die Aktivierung des Instandsetzungsanspruchs auch nicht deshalb ausgeschlossen, weil die Erfüllung der Instandsetzungspflichten nicht zur Entstehung ihrerseits aktivierungsfähiger Wirtschaftsgüter führen würde. Denn das zu aktivierende Wirtschaftsgut ist der Anspruch selbst und nicht die mit der Instandsetzung verbundene Verbesserung der Wirtschaftsgüter, auf die er gerichtet ist (vgl. ebenso zum Pachterneuerungsanspruch BFH-Urteil in BFHE 186, 29, [BFH 17.02.1998 - VIII R 28/95] BStBl. II 1998, 505, unter II. B. 3. a).

Die Rechtsprechung des BFH zur Bemessung des sog. Pachterneuerungsanspruchs erlaubt keine gegenteiligen Schlüsse. Für den - hier nicht vorliegenden - Fall, dass der Pächter nicht nur die Erhaltung der vorhandenen Pachtgegenstände übernommen, sondern sich auch dazu verpflichtet hat, unbrauchbar gewordene Pachtgegenstände auf eigene Kosten durch neue zu ersetzen, nimmt der BFH zwar an, dass der Erhaltungs- und Erneuerungsanspruch des Verpächters (nur) mit dem nach Wiederbeschaffungskosten bemessenen Wertverzehr der Pachtgegenstände zu bewerten ist (vgl. BFH-Urteile vom 3. Dezember 1991 VIII R 88/87, BFHE 167, 322, BStBl. II 1993, 89, unter 4. a; in BFHE 84, 407, [BFH 21.12.1965 - IV 228/64 S] BStBl. III 1966, 147), so dass Aufwendungen für sofort abziehbaren Erhaltungsaufwand unberücksichtigt bleiben (BFH-Urteil in BFHE 186, 29, [BFH 17.02.1998 - VIII R 28/95] BStBl. II 1998, 505, unter II. B. 3. a). Maßgeblich hierfür sind aber ausschließlich Praktikabilitätserwägungen. Da sich der Pachterneuerungsanspruch auf eine Vielzahl unterschiedlicher Pachtgegenstände in einem jeweils unterschiedlichen Zustand technischer und wirtschaftlicher Abnutzung bezieht, wäre die Konkretisierung der ineinander übergehenden Einzelansprüche des Verpächters auf technische Instandhaltung, wirtschaftliche Werterhaltung und den Ersatz technisch oder wirtschaftlich unbrauchbar gewordener Gegenstände nur mit einem unverhältnismäßigen Aufwand möglich. (Nur) aus diesem Grund wird bei der Bewertung des Pachterneuerungsanspruchs eine Ausnahme vom Grundsatz der Einzelbewertung (§ 252 Abs. 1 Nr. 3 HGB) zugelassen, der dazu führt, dass der Teil der erforderlichen Erhaltungsaufwendungen, der auf sofort abziehbaren Erhaltungsaufwand entfällt, nicht gesondert erfasst wird (BFH-Urteil in BFHE 186, 29, [BFH 17.02.1998 - VIII R 28/95] BStBl. II 1998, 505, unter II. B. 3. b bb ccc). Daraus kann aber nicht der Schluss gezogen werden, dass Ansprüche auf Durchführung von Erhaltungsmaßnahmen auch dann nicht zu aktivieren sind, wenn diese - wie im Streitfall - alleiniger Inhalt der Instandsetzungspflicht sind und daher keine Abgrenzungsschwierigkeiten bestehen.

ee) Entgegen der Auffassung der Klägerin ist die Aktivierung des Instandsetzungsanspruchs auch nicht davon abhängig, dass wegen des Instandsetzungsrückstands eine Teilwertabschreibung (§ 6 Abs. 1 Satz 1 Nr. 1 Satz 2 EStG) oder eine Absetzung für außergewöhnliche technische oder wirtschaftliche Abnutzung (§ 7 Abs. 1 Satz 6 EStG in der für die Streitjahre maßgebenden Fassung) vorgenommen worden ist. Der gegenteiligen Auffassung, die v. Wallis (in Herrmann/Heuer/Raupach, Einkommen- und Körperschaftsteuergesetz, § 5 EStG Anm. 1245) unter Bezugnahme auf Ausführungen von Heuer (Finanz-Rundschau 1973, 101) vertritt, vermag der Senat nicht zu folgen. Heuer stützt seine Auffassung, dass der Instandsetzungsanspruch des Vermieters in der Bilanz so lange nicht ausgewiesen werde, wie der Vermieter den Instandsetzungsrückstand bei der Bewertung des vermieteten Wirtschaftsguts unberücksichtigt lasse, zwar auf die handelsrechtlichen Grundsätze ordnungsmäßiger Buchführung, lässt aber offen, aus welchem Einzelgrundsatz oder aus welchen Einzelgrundsätzen dieses Ergebnis folgen soll. Seine weiteren Ausführungen, dass es sich dabei um eine Ausnahme vom Grundsatz der Einzelbewertung handele, die (nur) so lange vertretbar sei, wie der Buchwert des vermieteten Wirtschaftsguts mindestens ebenso hoch sei wie die Summe aus dem Teilwert des Wirtschaftsguts und dem Wert des Anspruchs gegen den Mieter, legen jedoch den Schluss nahe, dass er in generalisierender Weise davon ausgeht, dass beim Vorhandensein eines Instandsetzungsrückstands die Voraussetzungen für eine Teilwertabschreibung auf das überlassene Wirtschaftsgut erfüllt seien. Diese generalisierende Annahme entbehrt nach Auffassung des Senats aber jeder Grundlage. Zumindest im Streitfall liegen keine Anhaltspunkte dafür vor, dass zu den maßgeblichen Bilanzstichtagen die Teilwerte der von der Klägerin überlassenen Pachtgegenstände infolge des Instandsetzungsrückstands niedriger als deren Buchwerte waren.

ff) Schließlich kann die Klägerin der Aktivierung des Instandsetzungsanspruchs auch nicht mit Erfolg entgegenhalten, dass es hierdurch zu einer Verfälschung des Periodengewinns komme, weil der Bilanzgewinn im Jahr der Aktivierung höher ausgewiesen werde, als es den wirtschaftlichen Verhältnissen entspreche, und in späteren Jahren, wenn die aktivierte Forderung wegen Durchführung der Instandsetzungsmaßnahmen wegfalle, niedriger. Dies trifft zwar zu, ist aber darauf zurückzuführen, dass die mit der Durchführung von Erhaltungsmaßnahmen verbundene Verbesserung und wirtschaftliche Werterhöhung des instandgesetzten Wirtschaftsguts regelmäßig keinen Niederschlag in dessen Bilanzansatz findet. Die von der Klägerin angesprochene Verfälschung des Periodenergebnisses wäre in gleicher oder ähnlicher Weise eingetreten, wenn die B-GmbH nicht zur Durchführung der Instandsetzungsmaßnahmen, sondern zur Zahlung des dafür erforderlichen Geldbetrags verpflichtet gewesen wäre oder wenn die Klägerin die Instandsetzungsmaßnahmen auf eigene Kosten durchzuführen gehabt hätte. Auch in diesen Fällen hätten sich die Erhaltungsaufwendungen - soweit nicht ausnahmsweise die Voraussetzungen für die Bildung von Aufwandsrückstellungen nach § 249 Abs. 1 Satz 2 Nr. 1 HGB in der für die Streitjahre maßgebenden Fassung vorgelegen hätten - nicht schon in den Zeiträumen ihrer wirtschaftlichen Verursachung, sondern erst in den Zeiträumen der Durchführung der Erhaltungsmaßnahmen gewinnmindernd ausgewirkt.

b) Einwendungen gegen die Höhe der aktivierten Forderungen hat die Klägerin nicht erhoben. Rechtsfehler zu ihren Lasten sind insoweit nicht erkennbar. Die Instandsetzungsansprüche sind mit den Beträgen zu bewerten, die die B-GmbH für die von ihr geschuldeten Maßnahmen aufzuwenden hat. Da im Rahmen einer Betriebsaufspaltung Besitz- und Betriebsunternehmen die wechselseitigen Ansprüche und Verbindlichkeiten auf der Grundlage derselben tatsächlichen Annahmen zu bewerten haben (vgl.BFH-Urteile vom 26. Juni 1975 IV R 59/73, BFHE 116, 160, BStBl. II 1975, 700; vom 8. März 1989 X R 9/86, BFHE 156, 443, BStBl. II 1989, 714), hat das Finanzamt G die Instandsetzungsansprüche der Klägerin zu Recht mit den Beträgen angesetzt, die die B-GmbH zu den jeweiligen Stichtagen als Rückstellungen passiviert hat.

3.

Die Klage ist daher abzuweisen. Die Kosten sind der Klägerin als der unterlegenen Beteiligten aufzuerlegen (§ 135 Abs. 1 der Finanzgerichtsordnung - FGO -). Die Zulassung der Revision beruht auf § 115 Abs. 1 i.V.m. Abs. 2 Nr. 1 FGO. Die für die Entscheidung des Senats erheblichen Rechtsfragen haben grundsätzliche Bedeutung.