Die bei der Wahrnehmung der Aufgaben nach Artikel I erbrachten Leistungen werden erfasst und die Kosten ermittelt. Die nach Artikel II eingenommenen Gebühren werden in Abzug gebracht. Die verbleibenden Kosten werden gemäß den Regelungen des Verwaltungsabkommens über die Zusammenarbeit auf dem Gebiet der Untersuchungseinrichtungen im Bereich Veterinärwesen, Lebensmittel- und Futtermittelüberwachung, Bedarfsgegenstände, Wein, kosmetische Mittel sowie Tabakerzeugnisse (sog. Norddeutsche Kooperation) vom 1. Mai 2009 abgerechnet. Sofern für Leistungen die Regelungen der Norddeutschen Kooperation nicht in Anspruch genommen werden, erfolgt ein jährlicher Kostenausgleich. Einzelheiten werden durch Verwaltungsvereinbarung geregelt.