Eine Geschäftsordnung regelt die Aufbauorganisation und den Geschäftsablauf. Die Direktion führt die Bezeichnung "Niedersächsischer Landesbetrieb für Wasserwirtschaft, Küsten- und Naturschutz (NLWKN) - Direktion". Die Betriebsstellen führen die Bezeichnung "Niedersächsischer Landesbetrieb für Wasserwirtschaft, Küsten- und Naturschutz (NLWKN) - Betriebsstelle ..." mit dem Zusatz des Standortes. Bauhöfe, Anlagen usw. fuhren die Bezeichnung der Betriebsstelle.