Der Landesbetrieb hat seinen Sitz (Direktion) in Norden. Er unterhält zunächst Betriebsstellen in Norden, Aurich, Brake, Cloppenburg, Meppen, Stade, Lüneburg, Verden, Sulingen, Hildesheim, Braunschweig und Göttingen sowie Anlagen und Bauhöfe an weiteren Orten. Diese Organisation wird im Zuge eines kontinuierlichen Organisationsentwicklungsprozesses nach fachlichen und wirtschaftlichen Gesichtspunkten optimiert.

Die Direktion führt die Bezeichnung "Niedersächsischer Landesbetrieb für Wasserwirtschaft und Küstenschutz (NLWK) - Direktion". Die Betriebsstellen führen die Bezeichnung "Niedersächsischer Landesbetrieb für Wasserwirtschaft und Küstenschutz (NLWK) - Betriebsstelle ..." mit dem Zusatz des Standortes. Bauhöfe, Anlagen usw. führen die Bezeichnung der Betriebsstelle.

Der Direktion obliegt die betriebsstellenübergreifende Steuerung und Koordinierung des NLWK sowie die allgemeine Verwaltung. Sie kann ihre Verwaltungsbefugnisse auf einzelne oder alle Betriebsstellen übertragen. Die Betriebsstellen nehmen ihre Aufgaben auf Grund von Vorgaben oder Zielvereinbarungen mit der Direktion im Rahmen der verfügbaren Ressourcen eigenverantwortlich wahr.