Die Eintragungen in das Wasserbuch hat gemäß § 120 Abs. 2 NWG jeweils die Behörde vorzunehmen, die für die Erteilung des einzutragenden Rechts oder die einzutragende wasserrechtliche Maßnahme zuständig ist (Wasserbuchbehörde).

Die Wasserbuchbehörde für die selbständigen Fischereirechte i. S. von § 3 Abs. 1 Nds. FischG ist die Behörde, die für Entscheidungen über den Ausbau und die Unterhaltung des Gewässers zuständig ist (untere Wasserbehörde oder NLWKN).

Eintragungen von wasserrechtlichen Erlaubnissen, die gemäß § 19 WHG von einer anderen Behörde (Planfeststellungsbehörde, Bergbehörde) erteilt werden, nimmt die Wasserbehörde vor, die das Einvernehmen erteilt.

Den beglaubigten Auszug aus dem Wasserbuch gemäß § 120 Abs. 5 NWG erstellt diejenige Wasserbuchbehörde, die für den Eintrag zuständig ist.

Dem NLWKN obliegt als Landesbehörde nach § 120 Abs. 1 NWG die zentrale Administration der WBE-Software. Er erteilt jeder Wasser-/Wasserbuchbehörde eine eigene Zugangskennung.

Der NLWKN hat den sicheren Betrieb der Software sicherzustellen. Dazu gehört auch die Unterstützung der Wasserbuchbehörden bei der Anwendung der Software WBE (Helpdesk).